FC Bayern Mnichov byl založen 27.února 1900 členy Mnichovského gymnastického klubu (MTV 1879). Celá událost však nebyla od počátku vůbec jednoduchá a podařilo se tak jen díky pár fotbalovým nadšencům, kteří se odělili z řad MTV 1879... 27.února 1900 totiž shromáždění členů MTV 1879 rozhodlo o tom, že fotbalistům hrajícím pod hlavičkou MTV by nemělo být dovoleno vstoupit do Německého fotbalového svaz (DFB), a proto se jedenáct členů fotbalové divize rozhodlo opusti shromáždění a ještě toho večera založili Fotbal-Club Bayern München. Během několika měsíců Bayern porazil všechny místní soupeře a dosáhl semifinále 1900-1901 na Jihoněmeckém šampionátu. V následujících letech klub získal několik místních trofejí a od sezóny 1910-1911 hrál Bayern v nově založené "Kreislize", první regionální bavorská liga. Hned v prvním ročníku Bayern tuto ligu vyhrál, nicméně tento úspěch nedokázal zopakovat až do začátku první světové války v roce 1914, jež přerušila všechny fotbalové aktivity v Německu. Bayern Mnichov zažil také 2 krát fůzi, což mělo klubu pomoci jak ekonomicky, tak vylepšením fotbalového zázemí a vybavení. První spojení se událo v roce 1906, když došlo k úmluvě Bayernu s Münchener Sport Club. Jako projev dobré vůle ze strany Bayernu byla akceptace změny klubových barev z černé na červenou - barva MSC. Unie vytvořená oběma kluby trvala do roku 1919, MSC se tehdy rozhodlo orientovat své zaměření pouze na tenis a pozemní hokej. Bayern spojil tedy své síly s Sportverein 1890 Jahn München. Pouto vydrželo do roku 1923 a od té doby se Bayern Mnichov stal nezávislým celkem až do dnes.
Po 1. světové válce vyhrál Bayern několik regionálních soutěží a v roce 1926 poprvé vyhrál šampionát Jižního Německa. Úspěch zopakoval o 2 roky později. První národní titul na sebe nechal čekat do roku 1932, když tým vedený maďarským trenérém Richardem ''Little Dombi'' Kohnem porazil ve finále Eintracht Frankfurt v poměru 2:0 (Branky vstřelili: z penalty Oskar "Ossi" Rohr a Franz Krumm). Historie však byla proti Bayernu, nástup Hitlera znamenal pro klub úplné zastavení jakéhokoli rozvoje. Prezident klubu Landauer i hlavní trenét Dombi, jakožto židé, byli nuceni uprchout do zahraničí! Dombi uprchl do Holandska, kde měl lvé podíl na rozvoji dnes již slavného Feyenoordu Rotterdam. Bayern se v tomto období rozkládal do bezvýznamnosti. Zajímavostí je však poslední zaznamenaný zápas Bayernu v Říši. Uskutečnil se 23. dubna 1945 proti celku Mnichova 1860 a skončil vítězstvím Bayernu 3:2. Za necelé 3 týdny Německo kapitulovalo.
Léta poválečná se pro bavorský klub nevyvíjela nejlépe. Klub sice nastupoval v první divizi (Oberliga Süd), nicméně bylo to spíše utrpení, jehož výsledkem byl sestup v roce 1955. Bayern se však dokázal vrátit následující sezónu a k tomu ještě vyhrát DFB Pohár, čož se mu povedlo poprvé v historii (ve finále porazil Bayern Mnichov Fortunu Düsseldorf 1:0). Mezi léty 1945 - 1963 bylo najmuto a propuštěno 13 trenérů, v roce 1950 stál klub dokonce před krachem a nebýt finanční injekce Rolanda Endlera, byl by osud klubu nejspíše zpečetěn.
V roce 1963 byly všechny Oberligy v Německu sloučeny do jedné národní ligy, Bundesligy! Pět týmů z Jižní Oberligy bylo přijato do Bundesligy. Bayern Mnichov skončil v posledním ročníku Oberligy na třetím místě, ale bohužel nebyl vybrán mezi účastníky Bundesligy. Místo Bayernu se stal účastníkem národní ligy TSV 1860 Mnichov, který zvítězil v Oberlize Süd. Stalo se tak kvůli pravidlům, která neumožňovala, aby do nejvyšší soutěže byly vybrány 2 týmy z jednoho města. Bayern si na účast mezi elitou musel ještě 2 roky počkat. Tehdy se vytvořil tým mladých talentovaných fotbalistů v čele s Franzem Beckenbauerem, Gerdem Müllerem či Seppem Meierem a odstartovala zlatá éra Bayernu Mnichov. V premiérové sezóně vybojovali mladíci 3. místo v Bundeslize a získali DFB Pohár. To jim umožnilo zahrát si v následující sezóně Pohár vítězů poháru, který v dramatickém finále proti Skotskému Rangers vyhráli 1:0 brankou Franze Rotha v nastaveném čase.
V roce 1968 se kormidla ujal Branko Zebec, nahradil útočný styl poněkud disciplnovanějším pojetím hry a v roce 69 získal ''double'' za vítězství v DFB Poháru i Bundeslize. Bayern byl do té doby teprve čtvrtým týmem, kterému se něco takového povedlo. Zebec použil v průbězu sezóny pouze 13 hráčů! Od roku 1970 usedl na lavičku Bayernu Udo Lattek. S týmem získal 3 x titul pro mistra Německa, 1 x pohár a 1 x Evropský pohár (v opakovaném utkání porazil Bayern Atlético Madrid 4:0). V sezóně 1971-72 odehrál Bayern utkání proti Schalke 04 na novém Olympijském stadionu a a vítězstvím 5:1 tak stvrdil titul mistra Německa. V paměti mnoha fanoušků zůstává také z důvodu, že se jednalo o první živě vysílané utkání v historii Bundesligy. V následujících letech nebyl klub příliš úspěšný na domácí scéně, ale dokázal obhájit svůj Evropský pohár, jelikož v roce 1975 porazil ve finále Leeds United, když Roth a Müller rozhodli o průběhu utkání v posledních 20 minutách. "Vrátili jsme se do hry a vstřelil dva šťastné branky, takže jsme nakonec zvítěziili, jsme byli velmi, velmi šťastný," uvedl Franz Beckenbauer. Billy Bremner, trenér Leeds United, byl výkonem francouzského rozhodčího poněkud rozhořčen. Fanoušci Leedsu pak vyvolali vlnu nevolí v Paříži, které vyústili v tříletý zakáz na poli evropského fotbalu. O rok později v Glasgow porazil Bayern AS Saint-Étienne dalším Rothovým gólem a Bayern se tak stal třetím klubem, který vyhrál trofej ve třech po sobě jdoucích letech. Další trofejí pro Bayern v této éře byl Intercontinentalní pohár, když porazili brazilský klub Cruzeiro o dvě branky. Ve zbytku této slavné éry již další trofeje nepřicházely, a proto nastal čas změny a viděl. V roce 1977 odešel Franz Beckenbauer do New York Cosmos a o 2 roky později odešli také Sepp Maier a Uli Hoeness, Gerd Müller se připojil k Fort Lauderdale Strikers, klub sídlící na Floridě.
Osmdesátá léta jsou pro Bayern obdobím zmatku a ekonimických potíží. Na scénu přicházejí Paul Breitner a Karl-Heinz Rummenigge (tým je v té době nazýván FC Breitnigge), kteří přivedli tým k dvěma titulům v Bundesliga (1980 a 1981). Kromě DFB-Pokal vítězství v roce 1982 nádsledovali dva relativně neúspěšné sezóny, po kterých na trenérskou židli opět usedl bývalý trenér Udo Lattek. V roce 1984 vyhrál Bayern DFB-Pokal a pokračoval dalšími pěti tituly v šesti sezónách, včetně double v roce 1986, avšak na úspěch na evropské scéně tým nedosáhl.
Jupp Heynckes byl najat jako trenér v roce 1987, klub vedl 4 roky a během této doby získal 2 x titul mistra ligy a 2 x superpohár. Po druhém místě v 1990-91 přišla hororová sezóna, ve které klub skončil jen pět bodů nad sestupovými pozicemi v ročníku 1991-1992. V sezóně 1993-94 Bayern vypadl již ve druhém kole Poháru UEFA s Norwich City (NC zůstává jediným anglickým fotbalovým klubem, který porazil Bayern na Olympijském stadionu). Úspěch se vrátil týmu až Franz Beckenbauer, když převzal tým pro druhou polovinu sezóny 1993-1994 a po čtyčleté pauze opět dokázal s Bayernem vyhrát Bundesligu. Beckenbauer byl pak jmenován prezident klubu.
Jeho nástupci, Giovanni Trapattoni a Otto Rehhagel, vedli tým jednu sezónu a ani jednomu z nich se nepodařilo získat žádnou trofej, navzdory vysokým očekáváním klubu. Hráči Bayernu se spíše objevovaly stránkách bulvárního tisku než sportovních stránkách, což mělo za následek přezdívku FC Hollywood. Franz Beckenbauer se vrátil na konci sezony 1995-96 jako prozatímní trenér a dovedl svůj tým k vítězství v poháru UEFA (ve finále porazil Bordeaux). Pro období 1996 - 1997 byl vybrán jako hlavní trenér znovu Giovanni Trapattoni. Úkol zněl jasně, vyhrát titul! Nejenom titul ale ligový pohár získal Trapattoni . Následující sezóna však patřila Kaiserslauternu a tak i přes zisk domácího poháru se Giovanni musel pakovat.
Ottmar Hitzfeld, klíčová osobnost a strůjce úspěchu Bayernu Mnichov mezi léty 1998 - 2004. Hned v první sezóně vyhrál Hitzfeld Bundesligu a rok chtěl završit vítězstvím v Champions League. Pámátké finále na Nou Campu si snad pamatuje každý fanoušek fotbalu. Triumf byl po trefě Mario Baslera v 6. minutě ještě blíž, konec se blížil a na světelní tabuli již běžela 90. minuta, zbývalo už jen několik vteřin, než měl Pierluigi Collina naposlédy fouknout do píšťalky a v tom se to stalo. Manchester United dvěma slepenými góly otočil výsledek utkání... V následující sezóně, když klub slavil 100 let od založení, získal klub po třetí v historii double. Třetí, po sobě jdoucí titul, získal Bayern v roce 2001 gólem v posledním kole, v poslední minutě ja hřišti Hamburku (tehdy k tomu pomohl i Tomáš Ujfaluši hrající za HSV). O několik dní později vyhrál Bayern Mnichov Ligu mistrů, když porazil na penalty Valencii. Další sezóna začala úspěchem, Interkontinetální pohár byl v Mnichově. Do konce sezóny už klub ale žádnou trofej nezískal. Sezóna 2002-2003 byla opět velmi úspěšná. Zisk double a náskok 16 bodů v ligové tabulce hovoří za vše. Hitzfeldovo počínání skončilo v roce 2004. (v poháru vypadl Bayern s druholigovým Aachenem)
Řízení týmu převzal Felix Magath a hned v prvních dvou sezónách získal pro bavorský velkoklub 2 x titul mistra Bundesligy. Před začátkem sezóny 2005-06 se Bayern Mnichov odstěhoval z Olympijského stadionu do nové Allianz Areny, kterou sdílí s TSV 1860 München. Výkon v období 2006-07 byl nevýrazný a opět v poháru a opět to byla Alemannia Aachen. kdo vyřadil Bayern. Trenér Magath byl vyhozen krátce po zimní přestávce. Zbytek sezony vedl tým opět Ottmar Hitzfeld. Týmu se celkově moc nedařilo a dokončil tým na desátem místě (po deseti letech se tým nekvalifikoval do Ligy mistrů). Pro sezónu 2007-08 učinil Bayern radikální změny v kádru, které měly týmu pomoci vrátit zpět ztracenou slávu. Vedení přivedlo celkem osm nových hráčů a devět hráčů stávajícíhi kádru prodálo, propuštilo nebo pustilo na hostování. Novými posilami se staly hvězdy Mistrovství světa 2006 jako Franck Ribéry, Miroslav Klose či Luca Toni. Bayern byl od počátku na vrcholu tabulky Bundesligy, kterou samozřejmě vyhrál. Dalším triumfem byl zisl DFB-Pokal proti Borussii Dortmund.
11. ledna 2008 bylo zveřejněno, že klub převezme od nové sezóny Jürgen Klinsmann. Smlouva byla podepsána na dva roky. Nový ročník německé nejvyšší soutěže začal pro Bayern Mnichov porážkou v DFL-Supercup 1:2 proti Borussii Dortmund. Další zaváhání nastalo ve čtvrtfinále Německém poháru, kde byl Bayern vyřazen Bayerem Leverkusen. V Lize mistrů Bayern také dosáhl čtvrtfinále (poté, co vyhrál skupinu F a porazil v osmifinále Sporting rekordním součtem branek 12-1) Dne 27.dubna, dva dny po domácí porážce proti Schalke, které způsobilo propad Bayernu na třetí místo v tabulce, byl Klinsmann vyhozen. Bývalý trenér Jupp Heynckes byl jmenován jako dočasný kouč až do konce sezóny. Bayern nakonec skončil na druhém místě, které zaručovalo kvalifikaco přímo pro Ligu mistrů v letech 2009-10. Na lavičku usedl holandský manažer Louis van Gaal. Následovali miliónové posily jako Arjen Robben a Mario Gómez ve snaze vrátit Bayern na vrchol evropské scény. 8.května 2010 slavil Bayern Mnichov Bundesligový titul po vítězství 3:1 nad Herthou Berlín a o týden později se hráči radovali i ze zisku DFB-Pokalu. Na triple bohužel Bayern nedosáhl neboť ve finále UEFA Champions League byl poražen 2:0 Interem Milán. V sezóně 2010-11 byl Bayern vyřazen hned v prvním kole vyřazovací fáze Ligy mistrů a opět u toho byl Inter Milán. Mužstvu se nedařilo a skončilo až třetí v Bundeslize, a proto byl v dubnu 2011 Van Gaal vyhozen.
Pro sezónu 2011-12 se Heynckes vrátil jako hlavní trenér Bayernu Mnichov, ale tým zůstal do konce ročníku bez trofeje. V tuzemské soutěži obsadil celek Bayernu Mnichov druhé místo a finále poháru prohrál poměrem 5:2, v obou případech skončil za Borussií Dortmund. Bayern se dostal do finále Ligy mistrů, které se hálo na jeho domácím stadionu, ale prohrál s Chelsea až na penalty (3-4) (toto byla jeho druhá porážka od anglické týmu v Mnichově, a jejich první v Allianz Areně)
V úvod sezóny 2012-13 Bayern vyhrál Superpohár, když v Allianz Aréně porazil Borussii Dortmund 2:1. Po výhře 5-0 na Fortuně Düsseldorf se stal FC Bayern prvním týmem v historii, který vyhrál prvních osm zápasů v Bundeslize. Dne 6. dubna 2013 Bayern opět vyhrál Bundesligu po 1-0 vítězství na hřišti Eintrachtu Frankfurt. O titulu bylo rozhodnuto již 6 kol dopředu, čímž byl vytvořen nový rekord Bundesligy. Ostatní rekordy, které Bayern v sezóně 2012-13 vytvořil jsou: nejvíce bodů v sezoně (91), nejvyšší bodový náskok na druhý tým v tabulce (25), nejvíce vítězství v sezóně (29) a nejméně inkasovaných branek (18). Bayern také vyrovnal rekord v nejmenším počtem porážek v sezóně. Dále Bayern dosáhl finále Ligy mistrů potřetí ve čtyřech letech, popáté vyhrál Champions League když 2:1 porázil Borussii Dortmund na stadionu ve Wembley. 1. června 2013 Bayern porazil VfB Stuttgart 3:2 a získal Německý pohár a stal se tal prvním německým klubem, který získal v mužském fotbal treble. Jen těsně unikla Bayernu tato trojkombinace v roce 1999 a 2010.
Od 1. července 2013 vedl FC Bayern Mnichov jako manažer Pep Guardiola. V současnosti v týmu jako hlavní trenér působí Carlo Ancelotti, který si svou roli trenéra Bayernu Mnichov prohodil s původním trenérem Pepem Guardiolou.